医学技术系始建于2006年4月，为原医学检验系（始建于2003年11月）与医学影像系（始建于2003年11月）合并而成，2006年10月临床医学专业病理学方向的教学及学生工作统一由医学技术系管理，病理学教研室由基础医学部划归医学技术系。
    医学技术系现有医学检验（始建于2000年）、医学影像（始建于2001年）两个专业及临床医学专业病理方向（始建于2005年）。院部下设综合办公室、辅导员办公室、病原教研室，免疫教研室，生化教研室、物理教研室、病理教研室、影像设备教研室、检验综合实验室，影像综合实验室；附属医院设置了核医学教研室、磁共振教研室、第一CT教研室、第二CT教研室、第一放射诊断教研室、第二放射诊断教研室、第三放射诊断教研室、第一超声诊断教研室、第二超声诊断教研室、第三超声诊断教研室、第一临床检验教研室、第二临床检验教研室、第三临床检验教研室，承担我系与其它各部系相关教学任务及全系各专业学生的管理。